これは「みんなで翻刻」やってたら同じ文字が出てきたので
識者のみなさんにお願いしたら「甚」だと判明。
なるほど、下の方が心みたいな正しいみたな感じになるのは匹だったんだ！
ということで、この回はおおむね埋まりました。
皆さんありがとうございました。

続きが気になる方はこのへんから探してください↓
http://www.chinjuh.mydns.jp/wp/?s=%E5%8B%9D%E4%BA%94%E9%83%8E

たぶん「房（姉の名前）止るを[得]ずありのまゝに告るに」ですね。
脳内で「とめる」って読んだのが良くなかった。
やむるをえず→やむをえず
「仕方なくありのまま話す」だったら意味が通じる。

しかし、その次の
＞源蔵夫婦つやも□不審におもひ

ここがわからない。（不審と書いちゃったけど原文は「ふ審」になってる）
「皆」では字の形が違うし、
それ以外に1文字で何が入るか思い付かない。
あるいは「ふ審」が間違っているのかも。

> 半四郎といふ者を尋て見んと思へども身すごしに後れ
> 其侭に打捨てむ[ら]に母やいは四つなる娘を常に乳を飲するゆへ

「打捨てむ、らに母やいは…」では意味が通じないので
「打捨て、村に母やいは…」ですかね。
もしくは「ら」は衍字で「うち捨てむに、母やいは…」でしょうか。

なんにせよ、ありがとうございます。
ぐっと進みました。

あ、あと、わたしに初心者だって逃げ言葉を使うと「わたしも初心者ですが何か？」ってバナナで釘が打てるくらいの低温で冷たく言い返したくなる衝動に駆られるのでやめてください（笑）

だいたい、こんな適切なツッコミ入れられる人が初心者のわけないし。

　「本多大之」と「屋敷」の間にごにょごにょっと何か書いてあるので「大之進」という人名っぽいですね。
http://clioapi.hi.u-tokyo.ac.jp/ships/ZClient/W34/z_detail.php?title=%E9%80%B2&mgno=34058849&count=102&countAll=474
　「進」はいろんなくずし方をするようですが、たとえば↑ここにあるみたいにごにょごにょっと書かれることもあるようです。こんなの前後の流れで読むほかどうしょうもないです。文字を覚えることより語彙力をためされるのが古文書の解読。

　あと、今さらですが、よそのサイトを横目で見たところ、母親のなまえが「せい」になってました。しかし、わたしが見ている本はどう読んでも「やい（屋い）」なので、直しません。

　おそらく、もともとは木版で刷られて出版された本だったのでしょうが、それを手で書き写したものです（要するにコピー。複製したい場合は人が手で書きます）。

　もとの本から直接写したか、写したものをさらに写したかわかりませんが、途中で書き間違いだのなんだのが出ても当然のことです。見たままやることにします。

　ただ、ほかの本（もとの刷ったやつとか）が残ってるんなら見たいものですね。

　そして、一円さん、本多大の「屋敷」であってそうですよ！！なるほど、落ち着いて見るとまったく屋敷です。もう完全に屋敷にしか見えなくなりました（呆然）。

　本多大（あるいは本多大之、かもしれないが）が誰なのかはよくわかりませんが、本多流という弓の流派があるそうなので、たぶんその家柄の家なんだと思われます。

　尾州の家士・村田吉太郎は、状況から考えると やい の父親なので、御弓役だった関係で本多家に出入りしてた……かどうかは書かれてないのでわかりませんが、読者がそういうことを察する部分なんだと思います。

　祖母つやが松平隠岐守に仕えていたとかも、当時の読者なら「そりゃあ立派な人たちだ。ウソなんかつくはずがねぇ」ってな感じだったんだと想像します。

　そんなこんなを整理して読み直したら、人物紹介の部分は、ほとんど埋まりました。

本多大の？□□に奉公す　→本多大の屋敷に奉公す
#あるいは本多大之で人名かも

昼四時比？　比で「ころ」と読ませるのは国語の辞書にもありました。

□名久兵衛といふ　→　初名久兵衛といふ
　#あるいは幼名

此□・半四郎入ま？に□□□文政三辰年十三回忌也
　↓
此跡へ半四郎入夫に候由尤？文政三辰年十三回忌也
　# 入夫は婿に入ること。「この跡（後）に半四郎が婿入りした由（よし）である」
　# 尤は、こういう使い方の例をほかに見た事がないので自信なし。

大変ありがとうございます。
あと本文悩まないと。ほほほほ。

尾張藩の件は、なんせ田舎の百姓が「もと尾州の」と言ってるわけで、実際そうだったかなんてわかったもんじゃないですから、調べてどうにかなるものじゃないと思います。ありがとうございます。

屋敷の件はちょっと見てみますね。

　尾張藩なら史料はあるだろうからこの本多氏を特定することが可能としても、相当な手間がかかるなあ。

となると、久兵衛がいつの名前かわからないので、
幼名であっても矛盾はないです。
ただ、

幼
http://clioapi.hi.u-tokyo.ac.jp/ships/ZClient/W34/z_list.php?title=%E5%B9%BC&resourcetype=0

初
http://clioapi.hi.u-tokyo.ac.jp/ships/ZClient/W34/z_list.php?title=%E5%88%9D&resourcetype=0

…と比べてみると、やっぱり初かな、という気もします（汗）